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作者： tokenpocket官网下载2.0

2024-03-07 17:46:36

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ANDRITZ Decanter Centrifuges D

Each machine in the ANDRITZ decanter centrifuge family benefits from an application-specific design. Whether your goal is to separate solids from liquids, two liquids from each other, or even to accomplish both tasks at the same time, our application specialists have an optimal design for you. Thanks to decades of experience with continuously evolving machine designs, our top-of-the-class decanter centrifuges ensure reliable and efficient performance.

ANDRITZ decanter centrifuge for environment

Application：Municipal wastewaterThickening biological sludge with and without polymersThickening primary and tertiary sludgeDewatering membrane sludgeDewatering fresh, blended sludgeDewatering digested sludgePre-thickening and dewatering of hydrolyzed sludgeClassification of sludgeSand removalPotable waterApplication：Industrial wastewaterManure and animal wasteDairyFood and beveragePulp and paperSteel and stainless steelPower plantsSlop oils and lagoonsDrilling mudsSand and aggregatesMining effluents, etc.

ANDRITZ Decanter Centrifuges A

ANDRITZ decanter centrifuges A are specifically suitable for the chemical and also the mining and minerals industries. ANDRITZ offers two-phase and three-phase decanter centrifuges with continuous adjustability in operation to accommodate variations in feed conditions. Based on long-term relationships with our customers, our product solutions have been optimized to manage the most demanding process situations while maintaining high performance and ensuring long lifetime of the machinery. The robust design of the machines results in a service life of several decades. Customers benefit from a wide choice of different materials of construction (MOCs) to handle even the most demanding corrosive environments. The delivery of EX-certified equipment is not an issue.

ANDRITZ Decanter Centrifuge A

Your benefitsHighest efficiencyHigh availabilityHighest capacity overall in the marketSuperior dewatering performance for best centrate/filtrate qualityLowest flake content of end productLowest maintenance costs

Krauss-Maffei Peeler centrifuge HZ

Krauss-Maffei horizontal peeler centrifuges are batch operated filtration centrifuges known for their reliable performance at high capacities. They are used in many processes, primarily in the bulk chemicals, fine chemicals, and food industries.

Peeler centrifuge HZ 125/3.2

Your benefitsKrauss-Maffei peeler centrifuges can be adapted easily to changing process requirementsDifferent control recipes can be used to select the optimum operating speed and cycle sequence to yield the highest product quality at peak capacityLower residual cake moisture due to high centrifugal forcesAdjusted to your productExcellent wash results due to even distribution of wash liquid, achieved with a horizontal basket configuration and feed via distributor or spray bars

Krauss-Maffei Pusher centrifuge SZ

In continuous solid/liquid separation, Krauss-Maffei pusher centrifuges successfully combine the features of high availability with minimum maintenance and reduced specific space requirement. Especially suited for fast filtering products at high throughput rates, our pusher centrifuges are the right choice for reliable and effective dewatering. A variety of washing modes and machine sizes are available in order to meet the individual quality requirements of your final product. Krauss-Maffei pusher centrifuges were launched on the market over 80 years ago and have been applied since then in over 5,000 installations around the globe.With these numbers comes a wealth of experience gained in industrial applications from food to bulk chemicals, plastics, fiber, or mining and mineral applications, and the track record keeps on running.

Krauss-Maffei SZ pusher centrifuge

Main ApplicationsBulk chemicalsSodium sulfateSodaZLDLithium hydroxideMany moreAgrochemicalsAmmonium sulfateMonoammonium phosphate (MAP)PotashMany morePlasticsABSParaxylenePolycarbonateAdipic acidMany more

Food stuffSodium bicarbonateSodium chlorideCitric acidMany moreConstruction materialsAustenitic steelsDuplex steelsNickel-based alloysTitanium

Krauss-Maffei Vertical centrifuge VZU

The Krauss-Maffei vertical basket centrifuge VZU has been specifically designed for processing high-quality products in the chemical, pharmaceutical, and food industries. The requirements established for minimum product loss, such as optimal cleaning ability, minimum dead zone design, and inspection capability, are all fulfilled in this development. Operating benefits include flexibility to adapt to a wide variety of product requirements, effective and even filling, intensive solids washing, and optimized solids discharge. In addition, the vibration damping system developed for this unit using four column supports results in smooth operation and minimal downtime for maintenance.

Krauss-Maffei Vertical centrifuge VZU

Main ApplicationsAmino acidsAgrochemicalsFine and special chemicalsPharmaceutical products (e.g. API and antibiotics)VitaminsFood productsMaterials of constructionVarious grades of stainless steelNickel-based alloysSpecial metals with or without lining

+86 (757) 8258 6802

+86 (757) 8258 6828

separation.cn@andritz.com

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Centrifuge 5910 Ri - 冷冻离心机 - Eppendorf 艾本德

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多用途离心机

Centrifuge 5910 Ri

Centrifuge 5910 Ri - 冷冻离心机

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冷冻离心机Centrifuge 5910 Ri 精致简便、符合人体工程学，是高产量和能效的结合。它结合了简便的触屏用户界面和先进的温度控制系统。

显示更多产品信息

了解关于Eppendorf可持续性的更多信息，包括如何识别可持续性离心机

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Centrifuge 5910 Ri

触摸屏界面, 冷冻型, 不含转子

ACT, 230 V/50 – 60 Hz (EU)

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5943000011

价格

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新款冷冻离心机Centrifuge 5910 Ri因其易用性和多功能性而脱颖而出：大型 7 英寸 VisioNize® 触摸界面，带来直观的用户体验，可进行快速无误操作，确保运行过程高效且可复制。此外，记录功能和独一无二的用户管理通过多种授权等级、密码保护和记录所有运行和用户活动，支持质量控制。与一系列固定角转和水平转子选件配合使用后，这款离心机可用于各种各样的离心应用，是满足多用户实验室多元化要求的理想选择。

触屏界面直观、易用具备独特收藏夹功能，参数设置速度超过以往任何时候：常用的时间、温度和速度设置可直接在主屏幕上访问，用户只需点击三次即可创建单独的离心步骤。程序功能最多可保存 99 个程序。每个程序单独命名，由所有运行参数（包括坡度和半径校正设置）组成，并具备转子兼容性检查功能，以避免操作错误。

用户管理和文档功能为了满足您的GLP/GxP需求，Centrifuge 5910 Ri制冷型台式离心机可提供运行期间所有设置和事件文档。当与用户管理功能（可选）结合使用时，您可以跟踪具体离心工作、操作人员和操作时间。可通过USB或VisioNize® Lab Suite以PDF或CSV文件形式导出数据。您准备好无纸化办公了吗？使用我们的eLABJournal®数字实验室记录本软件，将您的所有数据存于一处，告别堆积如山的文书工作！

离心机转子具备卓越的多功能性，适用于多种应用在1,000 毫升试剂瓶里收获细胞，大规模DNA和RNA分离以及Ficoll®用于纯化淋巴细胞和单核细胞的Centrifuge 5910 Ri梯度离心——这些仅仅是众多应用的几个示例。该设备具备多样卓越功能，可以满足当今和未来的实验室需求。

独特的通用概念——更大容量、更少工作水平转子S-4xUniversal 不仅容量高达 4 x 1 L，而且采用独特的通用适配器，有助于简化实验室工作流程：这种创新型系统可在不更换离心机转子、转子吊篮或适配器的情况下，对试管、工作板和试剂瓶进行离心。• 适配器1: Eppendorf 离心管® 5.0 mL、15 mL 锥形管和DWP的统一解决方案 • 适配器 2: 50 mL 锥形管和 MTP的统一解决方案 • 适配器 3: 50 mL 锥形管、250 mL 试剂瓶和 MTP的统一解决方案好处在于：• 节省时间：无需更换吊篮或适配器意味着可以简化离心管和工作板的离心流程 • 节约成本：无需为不同的罐体或吊篮购买不同的适配器（例如一个用于离心管、一个用于工作板) • Save space: 无需贮存各种罐体或适配器 — 节省宝贵的实验室空间

操作方式符合人体工程学，可令实验室工作更加轻松Centrifuge 5910 Ri设计时特别考虑营造符合人体工程学的工作环境：秉承Eppendorf 多功能产品中的低噪音特性，这款冷冻台式离心机使您避免实验室里的噪音污染而带来不必要的压力。开盖高度低，不仅方便装载或者拿取样品，也方便实验人员拿取打开的离心机盖。无需费力关闭离心机盖：轻触盖功能有一个自动关闭机构。了解更多

安全、便捷地管理您的样品和设备，让您安心为保护您的宝贵样品，我们的制冷型台式离心机搭载先进的温度管理功能，在制冷基础上为您提供精确控制。它采用最新技术，如快速预冷和我们的专利动力压缩机控制（DCC）技术，实现精准制冷。现代化的安全功能，如自动转子识别、转子寿命跟踪、新转子兼容性检查、内置失衡传感器，让您安心完成离心工作。可自由编程的重复任务，如维护提醒或转子和设备清洁计划，有助于优化离心机的维护工作，缩短停机时间，从而提高实验室的工作效率。

将您的实验室连接至VisioNize® Lab Suite 您是否希望远程监控实验室设备并接收设备警报和其他事件的电子通知？一个数字化、互联实验室具备更多优势。获取一系列模块化数字服务，选择最适合您实验室需求的服务。VisioNize Lab Suite 满足您作为实验室经理或科学家进行实验室数字化管理所需的一切，以提高样品安全性、法规遵从性和维护管理水平。从您的桌面远程监控连接设备 Centrifuge 5910 Ri，并在运行完成或出现警报、错误、警告、维护任务等情况时接收通知。直接在VisioNize 中获取使用说明书和重要的服务证书，告别纸张办公。定制您自己的优选数码实验室吧! 更多信息: www.eppendorf.com/visionize

您是否拥有 Eppendorf 产品？已经注册了？您知道吗，每款 Eppendorf 注册产品均可在我们的奖励商店兑换以下?• 100 点 epPoints® • 当您注册离心机、振动试验机、CO2 培养箱或循环仪时，可享受额外 3 个月的保修服务 • 每款注册产品均可参加一次 Eppendorf 独家抽奖活动 • 在 Eppendorf 网站上分享您的个人产品故事操作非常简单！您可以 - 1. 下载 Eppendor f应用程序，扫描并注册，或者2. 访问我们的网页，登录 myEppendorf 帐户并输入产品序列号更多信息敬请访问：www.eppendorf.com/productregistration

废弃产品包装处置离心机包装包含不同材料，包括木制托盘、纸板、塑料防尘罩和一些泡沫部件。材料的回收变得越来越重要：您知道欧洲几乎回收所有的纸板材料吗？我们的离心机纸板包装含有约 50%的回收材料。请通过收集冰箱纸板包装材料并将其防止在适当的回收容器中，来支持回收有价值原材料的全球可持续发展倡议。对于LD-PE和泡沫制成的塑料防尘罩，我们建议选择可以回收PE材料的专门回收合作伙伴料。建议联系您当地的废物管理公司或设施管理团队，了解适合贵公司的可用回收方案。仪器处置我们的离心机可以使用多年。但如果需要更换，我们建议您根据当地要求，妥善处置此类仪器。我们强烈建议您在具有主动制冷仪器方面具有丰富经验的经认证本地回收合作伙伴。“本地”处理可减少运输影响。由于制冷剂需要以安全、可持续的方式进行移除和回收，建议采用“认证”方式对冷却离心机进行处置。消毒该设备用于实验室和/或用于处理生物样品。请记住对需要处理的设备进行充分去污。查看当地要求。有关更多信息，请联系当地的生物安全官员和/或废物管理官员。检查您当地的回收合作伙伴是否有特殊说明和/或文件要求。您也可以使用Eppendorf去污表格作为指导。

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规格

5910 Ri

ACT label

最大 RCF

22132 × g

最大 RCF，带固定角转

22132 × g

最大 RCF，带水平转子

5263 × g

速度

10 – 14,000 rpm (1 rpm 步进)

产品类型

离心机

可用转子

最大容量

68 × 15 mL/ 36 × 50 mL/4 × 1000 mL/ 4 × 5 MTP

加速/减速档

10/10

程序数量

定时器

10 秒至 99 小时 59 分钟, 可连续离心，具备 short-spin 瞬时离心功能

噪音水平

<59 分贝带转子 FA-6x50

电源

230 V, 50 – 60 Hz

最大能耗

1650 W

尺寸（长x宽x高）

72 × 68 × 37 cm / 28.3 × 25.9 × 14.5 in

占地面积（带/不带前面板的尺寸，WxD）

72 × 62 厘米 /  28.3 × 24.4英寸

产品重量

109 kg / 240.3 lb

开盖高度

85 cm / 33.5 in

冷冻型

远程设备监视和通知 (VisioNize®)

VisioNize®触摸屏已启用

适用锥形管、工作板和瓶子的通用适配器

是

适用 MTP、PCR 或 DWP 的工作板转子选项

是

适用高转速的固定角转

是

温度范围

-11 °C 至 +40 °C

最大容量

锥形管

68 × 15 mL/ 36 × 50 mL

板

20 × MTP/ 4 × DWP

Blood collection tubes

120 × 13 mm/ 104 × 16 mm

噪音水平

转子 FA-6x50

<59 dB(A)

转子 S-4x750

<57 dB(A)

S-4x 通用水平转子

<53 dB(A)

大型7英寸VisioNize®触摸界面，可通过独特的收藏夹功能进行快速参数设置

多种授权级别和文档功能的用户管理系统，满足 GLP/GxP 需求

水平转子和适配器可用于 0.2 mL 至 1000 mL 离心管和试剂瓶，以及所有类型的 MTP、PCR 或深孔板。

固定角转适用于需要高离心力的分子生物学应用，可离心 0.2 mL 至 250 mL 离心管

最大相对离心力达 22,132 × g (14,000 rpm)

气密性 Eppendorf QuickLock® 转子盖，符合人体工程学的转子盖快速锁定技术

静音操作，提供舒适的实验室环境

轻轻一按即可关闭离心机盖

温控范围：-11 °C 至 40 °C

自动转子识别和失衡检测，确保离心安全

下载: Centrifuge 5910 Ri

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产品使用说明 (9)

应用文献 (16)

常见问题 (26)

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英语

产品手册

Centrifuge 5910Ri

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3.2MB

简体中文

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Overview of all Centrifuges: Capacity and Technical Data

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英语

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centrifuge 在英语-中文（简体）词典中的翻译

centrifugenoun [ C ] uk

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/ˈsen.trɪ.fjuːdʒ/ us

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/ˈsen.trə.fjuːdʒ/

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a machine that turns a container round very quickly, causing the solids and liquids inside it to separate by centrifugal action

离心机

(centrifuge在剑桥英语-中文（简体）词典的翻译 © Cambridge University Press)

centrifuge的例句

centrifuge

After 24 hours, the conditioned medium was harvested, centrifuged to remove cellular debris and protein concentrations determined.

来自 Cambridge English Corpus

After filtration, 10% formalin and ethyl acetate were added, the sample centrifuged for 10 min at 3000 rpm, and suspended into 1 ml.

来自 Cambridge English Corpus

The sample was stirred, centrifuged at 50,000g for 30 min, and the supernatant extract of visual pigment was pipetted off.

来自 Cambridge English Corpus

Because of their importance there exist many guidelines for the design of efficient centrifuges but detailed investigations of the flow structure are not often found.

来自 Cambridge English Corpus

The liquid was decanted into 50 ml centrifuge tubes and the sediment discarded.

来自 Cambridge English Corpus

The bottom of a specially designed centrifuge cell is shaped according to the surface of a cylinder that is coaxial with the spin axis.

来自 Cambridge English Corpus

In this method, large membrane fragments are centrifuged at high g forces.

来自 Cambridge English Corpus

Blood samples were kept cool until taken to the laboratory, where they were centrifuged twice at 10 000 g for 10 min to obtain serum.

来自 Cambridge English Corpus

示例中的观点不代表剑桥词典编辑、剑桥大学出版社和其许可证颁发者的观点。

centrifuge的翻译

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離心機…

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centrifugador, Centrifugadora…

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centrífuga…

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in Ukrainian

centrifugeuse…

查看更多内容

santrifüj, santrifüjör…

查看更多内容

centrifuge…

查看更多内容

odstředivka…

查看更多内容

centrifuge…

查看更多内容

mesin sentrifugal…

查看更多内容

เครื่องหมุนเหวี่ยง…

查看更多内容

máy ly tâm…

查看更多内容

wirówka…

查看更多内容

centrifug…

查看更多内容

pengempar…

查看更多内容

die Zentrifuge…

查看更多内容

sentrifuge…

查看更多内容

центрифуга…

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centrepiece

-centric

centrifugal

centrifuge

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centurion

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re-centrifuge, at recentrifuge

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“每日一词”

veggie burger

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/ˈvedʒ.i ˌbɜː.ɡər/

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/ˈvedʒ.i ˌbɝː.ɡɚ/

a type of food similar to a hamburger but made without meat, by pressing together small pieces of vegetables, seeds, etc. into a flat, round shape

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Centrifuge 5430/ 5430 R

Centrifuge 5430/ 5430 R - 高速离心机

产品信息

Centrifuge 5430和 5430 R 融合两种离心机的特色功能。这些高速离心机兼具微型离心机的小巧体积与多用途离心机的多样功能。

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Eppendorf 优势：查看我们的特别优惠！

了解关于Eppendorf可持续性的更多信息，包括如何识别可持续性离心机

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技术数据

特征

Centrifuge 5430 和 5430 R 集体积小巧的微型离心机与多用途离心机的特色功能于一身。这款高速离心机不仅搭载适用于 Eppendorf 试管和 PCR 管的离心转子，还搭载适用于微孔板和 15/50 mL 锥形管的离心转子。转子程序中还提供额外的 Eppendorf QuickLock® 离心转子，包括 48 孔转子（1.5 mL 或 2.0 mL）、16 孔转子Eppendorf Tubes 5.0 mL 和水平转子（24 x 1.5 mL 或 2.0 mL）。Centrifuge 5430和 Centrifuge 5430 R 具备无与伦比的多功能性，是我们Eppendorf微型离心机系列的旗舰产品。按键式和旋钮式可选

操作简单安全我们的气密性Eppendorf QuickLock转子只需转动 1/4 圈便可关闭。这不仅节省了您的日常工作时间，还可以减轻腕部压力。

体积小巧压缩机位于 Centrifuge 5430 R 后面，冷冻款 Centrifuge 5430, 体积小巧，开盖高度低。

先进的操作系统 Centrifuges 5430和 5430 R 搭载先进的操作系统，具备更加节能的 ECO 智能关闭和FastTemp预冷功能。它们均搭载菜单驱动的多语言操作菜单以及大尺寸背光显示屏幕，可以保存多达 99 个用户定义程序和 5 个程序键，以方便访问常规程序。Eppendorf高速离心机Centrifuge 5430 R不仅配备标准FastTemp预冷功能，而且搭载名为 FastTemp pro® 的独特软件选项。FastTemp pro功能可根据预设时间和日期实现快速自动预冷。FastTemp pro 可以设置为特定日期，也可以设置为一周中指定日期的重复事件。当您离开实验室时，只需将离心机设置为待机状态， FastTemp pro 功能便可在次日早晨完成预冷。这不仅有助于简化操作流程；还可以整晚为您节省高达 90 % 的能耗。ECO 智能关闭功能可在设备处于非活动状态 1/2/4/8 小时后关闭压缩机，整晚可节约 88 % 的能耗，并延长压缩机使用寿命。此功能可在菜单设置中停用。

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规格

5430

5430 R

最大 RCF

30130 × g

最大 RCF，带固定角转

30130 × g

最大 RCF，带水平转子

16049 × g

速度

100 – 17,500 rpm (100 rpm 步进)

产品类型

离心机

可用转子

最大容量

48 × 1.5/2.0 mL，6 × 50 mL，2 × MTP

加速时间1)

14 s

减速时间1)

15 s

定时器

30 秒至99小时59 分钟, 可连续离心

SOFT 软刹车功能

是

噪音水平

< 58 dB(A) ， F-45-30-11固定角转

< 54 dB(A)， F-45-30-11固定角转

电源

230 V, 50 – 60 Hz

最大能耗

475 W

1.050 W

尺寸（长x宽x高）

34 × 42 × 25 cm / 11.2 × 16.3 × 9.8 in

38 × 64 × 29 cm / 15 × 25.2 × 11.7 in

产品重量

29 kg / 63.9 lb

56 kg / 123.5 lb

开盖高度

56 cm / 21.8 in

63 cm / 24.8 in

冷冻型

非冷冻

冷冻型

温度范围

–

-11 °C 至 +40 °C

1)加速和减速时间可能随转子、载重和电压版本而变化。

最大转子容量： 48 × 1.5/2.0 mL，6 × 50 mL，2 × MTP

最大相对离心力： 30,130 × g (17,500 rpm)

12 个不同转子可实现多功能性。

轻轻一按即可关闭离心盖，无须很大力气

多语言操作菜单，大型背光屏显示

5个快捷程序按键，快速运行常用程序

可存储多达50 个用户自定义程序

自动转子识别和失衡检测，确保离心安全

Eppendorf QuickLock®– 可快速打开或锁紧转子盖的系统

5430 R冷冻高速离心机独有产品性能

温度范围： -11°C 至+40°C

专利压缩机技术，降低振动，保护样品。

持续制冷功能：离心结束后仍可保持设定温度

®FastTemp pro快速制冷编程功能，可以预先设定制冷的时间和日期

ECO 自动待机功能，8 小时无使用后自动关机，降低能耗（离心过夜减少能耗 37 %），延长压缩机使用寿命（可通过菜单关闭该功能）

内置冷凝水槽，避免冷凝水积聚，防止腐蚀

下载: Centrifuge 5430/ 5430 R

内容

产品手册 (2)

证书 (9)

产品使用说明 (20)

应用文献 (13)

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选购指南

Centrifuge Family Overview

Overview of all Centrifuges: Capacity and Technical Data

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.5MB

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产品手册

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Eppendorf Microcentrifuges (GLP)

PDF

7.1MB

英语

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Centrifuge 5810/ 5810 R - 台式离心机 - Eppendorf 艾本德

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多用途离心机

Centrifuge 5810/ 5810 R

Centrifuge 5810/ 5810 R - 台式离心机

产品信息

Centrifuge 5810/5810 R高速离心机是目前在售的最小的 3 L 台式离心机之一。它非常适合中等到高通量实验室，集多功能性与高容量于一身，可使用离心管和工作板。

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Centrifuge 5810

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Centrifuge 5810 R

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技术数据

特征

Centrifuge 5810/5810 R 台式离心机以其可靠品质而闻名，为您提供更具成本效益的解决方案，适用于转速高达 20913 x g（14000 rpm）的中等至高通量应用。这款台式离心机用于每种实验室，具备静音操作、轻触盖锁定功能和低开盖高度，便于装载或者拿取样品，简化日常工作流程。提供一系列转子和适配器，具备多样卓越功能，可以混合装载多种离心管、试剂瓶和工作板。搭载全新一代转子，Centrifuge 5810/5810 R最大试管容量提升至 4 x 750 mL（或 28 x 50 mL / 56 x 15 mL）。水平转子和适配器适用于 0.2 mL 至 750 mL 离心管和试剂瓶，固定角转适用于 0.2 mL 至 85 mL 离心管。工作板转子可离心所有常见类型的多孔板，如 PCR、细胞培养或深孔板。

Eppendorf 台式离心机Centrifuge 5810/5810 R非常适合中等到高样品通量实验室。

气密性转子盖便于单手操作Eppendorf QuickLock®转子盖极大降低操作难度，便于单手操作。您可使用把手将封闭吊篮安全转移至生物安全柜，以便在安全环境中打开。

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规格

5810

5810 R

最大 RCF

20913 × g

最大 RCF，带固定角转

20913 × g

最大 RCF，带水平转子

4500 × g

最大 RCF，带工作板转子

3486 × g

速度

200 – 14,000 rpm

产品类型

离心机

可用转子

最大容量

4 × 750 mL/4 × 4 MTP

加速/减速档

10/10

程序数量

35 个用户自定义程序

定时器

1 分钟至99 分钟, 可连续离心，有瞬时离心功能

噪音水平

<70 dB(A)

<56 dB(A)

电源

230 V, 50 – 60 Hz

最大能耗

900 W

1650 W

尺寸（长x宽x高）

53.5 × 60.8 × 34.5 cm / 21.1 × 23.9 × 13.6 in

70.0 × 60.8 × 34.5 cm / 27.6 × 23.9 × 13.6 in

占地面积（带/不带前面板的尺寸，WxD）

54 × 54厘米 /  21.1 × 21.1英寸

70 × 54厘米 /  27.6 × 21.1英寸

产品重量

68 kg / 149.9 lb

99 kg / 218.3 lb

开盖高度

80 cm / 31.5 in

冷冻型

非冷冻

冷冻型

温度范围

–

-9 °C 至 40 °C

最大容量

锥形管

56 × 15 mL/ 28 × 50 mL

板

16 × MTP/ 2 × DWP

Blood collection tubes

100 × 13 mm/ 52 × 16 mm

噪音水平

FA-45-6-30 气密性固定角转 (6×50 mL)

<56 dB(A)

<55 dB(A)

S-4-104 水平转子(4×750 mL)

<70 dB(A)

<56 dB(A)

S-4-72 水平转子 (4×250 mL)

–

水平吊篮和多种适配器选择，适用于0.2 mL至750 mL离心管和试剂瓶

工作板转子可离心各类 MTP 微孔板，PCR 板，细胞培养板和 Deepwell Plates

固定角转适用于需要高离心力的应用，可离心 0.2 mL 至 85 mL 离心管

最大相对离心力达 20,913 × g (14,000 rpm)

Eppendorf QuickLock® 气密性快速锁定转子盖和吊篮盖，可单手操作，方便使用

轻轻一按即可关闭离心机盖

开盖高度低，仅29 cm，方便装载或者拿取样品

静音操作，提供舒适的实验室环境

占地面积小，节省了宝贵的实验室空间

自动转子识别和失衡检测，确保离心安全

5810 R冷冻离心机的其他产品特性

温度控制范围：–9°C至40°C

FastTemp 快速预冷功能

持续制冷功能：离心结束后仍可保持设定温度

ECO自动待机功能，8小时无使用后自动停止压缩机工作，节约能耗，延长压缩机使用寿命

动态压缩机控制技术（DCC），优化制冷性能

下载: Centrifuge 5810/ 5810 R

内容

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产品使用说明 (9)

应用文献 (10)

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选购指南

Centrifuge Family Overview

Overview of all Centrifuges: Capacity and Technical Data

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.5MB

英语

产品手册

Reliable Performance - Centrifuge 5804/5804 R and Centrifuge 5810/5810 R

Centrifuge 5804/5804 R and Centrifuge 5810/5810 R

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6.1MB

简体中文

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Reliable Performance - Centrifuge 5804/5804 R and Centrifuge 5810/5810 R

Centrifuge 5804/5804 R and Centrifuge 5810/5810 R

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What Centrifugation Is and Why It's Used

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Centrifugation: What It is and Why It's Used

Understanding the forces that pull rotating objects outward

choja / Getty Images

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Anne Marie Helmenstine, Ph.D.

Chemistry Expert

Ph.D., Biomedical Sciences, University of Tennessee at Knoxville

B.A., Physics and Mathematics, Hastings College

Dr. Helmenstine holds a Ph.D. in biomedical sciences and is a science writer, educator, and consultant. She has taught science courses at the high school, college, and graduate levels.

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Editorial Process

Updated on January 08, 2020

The term centrifuge can refer to a machine that houses a rapidly rotating container to separate its contents by density (noun) or to the act of using the machine (verb). Centrifuges are most often used to separate different liquids and solid particulates from liquids, but they may be used for gases. They are also used for purposes other than mechanical separation.

Invention and Early History of the Centrifuge

The modern centrifuge traces its origins to a spinning arm apparatus designed in the 18th century by English military engineer Benjamin Robins to determine drag. In 1864, Antonin Prandtl applied the technique to separate the components of milk and cream. In 1875, Prandtl's brother, Alexender, refined the technique, inventing a machine to extract butterfat. While centrifuges are still used to separate milk components, their use has expanded to many other areas of science and medicine.

How a Centrifuge Works

A centrifuge gets its name from centrifugal force—the virtual force that pulls spinning objects outward. Centripetal force is the real physical force at work, pulling spinning objects inward. Spinning a bucket of water is a good example of these forces at work.

If the bucket spins fast enough, the water is pulled inward and doesn't spill. If the bucket is filled with a mixture of sand and water, spinning it produces centrifugation. According to the sedimentation principle, both the water and sand in the bucket will be drawn to the outer edge of the bucket, but the dense sand particles will settle to the bottom, while the lighter water molecules will be displaced toward the center.

The centripetal acceleration essentially simulates higher gravity, however, it's important to keep in mind the artificial gravity is a range of values, depending on how close an object is to the axis of rotation, not a constant value. The effect is greater the further out an object gets because it travels a greater distance for each rotation.

Types and Uses of Centrifuges

The types of centrifuges are all based on the same technique but differ in their applications. The main differences between them are the speed of rotation and the rotor design. The rotor is the rotating unit in the device. Fixed-angle rotors hold samples at a constant angle, swinging head rotors have a hinge that allows sample vessels to swing outward as the rate of spin increases, and continuous tubular centrifuges have a single chamber rather than individual sample chambers.

Separating Molecules and Isotopes: Extremely high-speed centrifuges and ultracentrifuges spin at such high rates that they can be used to separate molecules of different masses or even isotopes of atoms. Isotope separation is used for scientific research and to make nuclear fuel and nuclear weapons. For example, a gas centrifuge may be used to enrich uranium, as the heavier isotope is pulled outward more than the lighter one.

In the Lab: Laboratory centrifuges also spin at high rates. They may be large enough to stand on a floor or small enough to rest on a counter. A typical device has a rotor with angled drilled holes to hold sample tubes. Because the sample tubes are fixed at an angle and centrifugal force acts in the horizontal plane, particles move a tiny distance before hitting the wall of the tube, allowing dense material to slide down. While many lab centrifuges have fixed-angle rotors, swinging-bucket rotors are also common. Such machines are employed to isolate components of immiscible liquids and suspensions. Uses include separating blood components, isolating DNA, and purifying chemical samples.

High-Gravity Simulation: Large centrifuges may be used to simulate high-gravity. The machines are the size of a room or building. Human centrifuges are used to train test pilots and conduct gravity-related scientific research. Centrifuges may also be used as amusement park rides. While human centrifuges are designed to go up to 10 or 12 gravities, large-diameter non-human machines can expose specimens to up to 20 times normal gravity. The same principle may one day be used to simulate gravity in space.

Industrial Centrifuges are used to separate components of colloids (like cream and butter from milk), in chemical preparation, cleaning solids from drilling fluid, drying materials, and water treatment to remove sludge. Some industrial centrifuges rely on sedimentation for separation, while others separate matter using a screen or filter. Industrial centrifuges are used to cast metals and prepare chemicals. The differential gravity affects the phase composition and other properties of the materials.

Everyday Applications: Medium-size centrifuges are common in daily life, mainly to quickly separate liquids from solids. Washing machines use centrifugation during the spin cycle to separate water from laundry. A similar device spins the water out of swimsuits. Salad spinners, used to wash and then spin dry lettuce and other greens, are another example of a simple centrifuge.

Related Techniques

While centrifugation is the best option for simulating high gravity, there are other techniques that may be used to separate materials. These include filtration, sieving, distillation, decantation, and chromatography. The best technique for an application depends on the properties of the sample being used and its volume.

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Helmenstine, Anne Marie, Ph.D. "Centrifugation: What It is and Why It's Used." ThoughtCo, Aug. 28, 2020, thoughtco.com/centrifuge-definition-4145360.

Helmenstine, Anne Marie, Ph.D. (2020, August 28). Centrifugation: What It is and Why It's Used. Retrieved from https://www.thoughtco.com/centrifuge-definition-4145360

Helmenstine, Anne Marie, Ph.D. "Centrifugation: What It is and Why It's Used." ThoughtCo. https://www.thoughtco.com/centrifuge-definition-4145360 (accessed March 7, 2024).

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What Is Centripetal Force? Definition and Equations

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Centrifuge

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Linux x86_64 binary

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Indexes

last updated: 12/06/2016

Bacteria, Archaea, Viruses, Human (compressed)

5.4 GB

Bacteria, Aarchaea, Viruses, Human

7.9 GB

last updated: 3/3/2018

NCBI nucleotide non-redundant sequences

64 GB

last updated: 4/15/2018

Bacteria, Archaea (compressed)

6.3 GB

MD5 checksum

Related Tools

Pavian: Tool for interactive analysis of pathogen and metagenomics data

HISAT2: Graph-based alignment to a population of genomes

Bowtie2: Ultrafast read alignment

Publications

Kim D, Song L, Breitwieser FP, and Salzberg SL. Centrifuge: rapid and sensitive classification of metagenomic sequences. Genome Research 2016

Contributors

Daehwan Kim

Li Song

Florian Breitwieser

Chanhee Park

Steven Salzberg

Links

Center for Computational Biology at Johns Hopkins University

Computer Science Department at Johns Hopkins University

Table of Contents

Introduction

What is Centrifuge?

Obtaining Centrifuge

Building from source

Running Centrifuge

Adding to PATH

Before running Centrifuge

Database download and index building

Building index on all complete bacterial and viral genomes

Adding human or mouse genome to the index

nt database

Custom database

Centrifuge classification output

Centrifuge summary output (the default filename is centrifuge_report.tsv)

Kraken-style report

Inspecting the Centrifuge index

Wrapper

Performance tuning

Command Line

Usage

Main arguments

Options

The centrifuge-build indexer

Command Line

Main arguments

Options

The centrifuge-inspect index inspector

Command Line

Main arguments

Options

Getting started with Centrifuge

Indexing a reference genome

Classifying example reads

Introduction

What is Centrifuge?

Centrifuge is a novel microbial classification engine that enables rapid, accurate, and sensitive labeling of reads and quantification of species on desktop computers. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (5.8 GB for all complete bacterial and viral genomes plus the human genome) and classifies sequences at a very high speed, allowing it to process the millions of reads from a typical high-throughput DNA sequencing run within a few minutes. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Obtaining Centrifuge

Download Centrifuge and binaries from the Releases sections on the right side. Binaries are available for Intel architectures (x86_64) running Linux, and Mac OS X.

Building from source

Building Centrifuge from source requires a GNU-like environment with GCC, GNU Make and other basics. It should be possible to build Centrifuge on most vanilla Linux installations or on a Mac installation with Xcode installed. Centrifuge can also be built on Windows using Cygwin or MinGW (MinGW recommended). For a MinGW build the choice of what compiler is to be used is important since this will determine if a 32 or 64 bit code can be successfully compiled using it. If there is a need to generate both 32 and 64 bit on the same machine then a multilib MinGW has to be properly installed. MSYS, the zlib library, and depending on architecture pthreads library are also required. We are recommending a 64 bit build since it has some clear advantages in real life research problems. In order to simplify the MinGW setup it might be worth investigating popular MinGW personal builds since these are coming already prepared with most of the toolchains needed.

First, download the [source package] from the Releases secion on the right side. Unzip the file, change to the unzipped directory, and build the Centrifuge tools by running GNU make (usually with the command make, but sometimes with gmake) with no arguments. If building with MinGW, run make from the MSYS environment.

Centrifuge is using the multithreading software model in order to speed up execution times on SMP architectures where this is possible. On POSIX platforms (like linux, Mac OS, etc) it needs the pthread library. Although it is possible to use pthread library on non-POSIX platform like Windows, due to performance reasons Centrifuge will try to use Windows native multithreading if possible.

For the support of SRA data access in HISAT2, please download and install the NCBI-NGS toolkit. When running make, specify additional variables as follow. make USE_SRA=1 NCBI_NGS_DIR=/path/to/NCBI-NGS-directory NCBI_VDB_DIR=/path/to/NCBI-NGS-directory, where NCBI_NGS_DIR and NCBI_VDB_DIR will be used in Makefile for -I and -L compilation options. For example, $(NCBI_NGS_DIR)/include and $(NCBI_NGS_DIR)/lib64 will be used.

Running Centrifuge

Adding to PATH

By adding your new Centrifuge directory to your PATH environment variable, you ensure that whenever you run centrifuge, centrifuge-build, centrifuge-download or centrifuge-inspect from the command line, you will get the version you just installed without having to specify the entire path. This is recommended for most users. To do this, follow your operating system's instructions for adding the directory to your PATH.

If you would like to install Centrifuge by copying the Centrifuge executable files to an existing directory in your PATH, make sure that you copy all the executables, including centrifuge, centrifuge-class, centrifuge-build, centrifuge-build-bin, centrifuge-download centrifuge-inspect and centrifuge-inspect-bin. Furthermore you need the programs in the scripts/ folder if you opt for genome compression in the database construction.

Before running Centrifuge

Classification is considerably different from alignment in that classification is performed on a large set of genomes as opposed to on just one reference genome as in alignment. Currently, an enormous number of complete genomes are available at the GenBank (e.g. >4,000 bacterial genomes, >10,000 viral genomes, …). These genomes are organized in a taxonomic tree where each genome is located at the bottom of the tree, at the strain or subspecies level. On the taxonomic tree, genomes have ancestors usually situated at the species level, and those ancestors also have ancestors at the genus level and so on up the family level, the order level, class level, phylum, kingdom, and finally at the root level.

Given the gigantic number of genomes available, which continues to expand at a rapid rate, and the development of the taxonomic tree, which continues to evolve with new advancements in research, we have designed Centrifuge to be flexible and general enough to reflect this huge database. We provide several standard indexes that will meet most of users’ needs (see the side panel - Indexes). In our approach our indexes not only include raw genome sequences, but also genome names/sizes and taxonomic trees. This enables users to perform additional analyses on Centrifuge’s classification output without the need to download extra database sources. This also eliminates the potential issue of discrepancy between the indexes we provide and the databases users may otherwise download. We plan to provide a couple of additional standard indexes in the near future, and update the indexes on a regular basis.

We encourage first time users to take a look at and follow a small example that illustrates how to build an index, how to run Centrifuge using the index, how to interpret the classification results, and how to extract additional genomic information from the index. For those who choose to build customized indexes, please take a close look at the following description.

Database download and index building

Centrifuge indexes can be built with arbritary sequences. Standard choices are all of the complete bacterial and viral genomes, or using the sequences that are part of the BLAST nt database. Centrifuge always needs the nodes.dmp file from the NCBI taxonomy dump to build the taxonomy tree, as well as a sequence ID to taxonomy ID map. The map is a tab-separated file with the sequence ID to taxonomy ID map.

To download all of the complete archaeal, viral, and bacterial genomes from RefSeq, and build the index:

Centrifuge indices can be build on arbritary sequences. Usually an ensemble of genomes is used - such as all complete microbial genomes in the RefSeq database, or all sequences in the BLAST nt database.

To map sequence identifiers to taxonomy IDs, and taxonomy IDs to names and its parents, three files are necessary in addition to the sequence files:

taxonomy tree: typically nodes.dmp from the NCBI taxonomy dump. Links taxonomy IDs to their parents

names file: typically names.dmp from the NCBI taxonomy dump. Links taxonomy IDs to their scientific name

a tab-separated sequence ID to taxonomy ID mapping

When using the provided scripts to download the genomes, these files are automatically downloaded or generated. When using a custom taxonomy or sequence files, please refer to the section TODO to learn more about their format.

Building index on all complete bacterial and viral genomes

Use centrifuge-download to download genomes from NCBI. The following two commands download the NCBI taxonomy to taxonomy/ in the current directory, and all complete archaeal, bacterial and viral genomes to library/. Low-complexity regions in the genomes are masked after download (parameter -m) using blast+'s dustmasker. centrifuge-download outputs tab-separated sequence ID to taxonomy ID mappings to standard out, which are required by centrifuge-build.

centrifuge-download -o taxonomy taxonomy

centrifuge-download -o library -m -d "archaea,bacteria,viral" refseq > seqid2taxid.map

To build the index, first concatenate all downloaded sequences into a single file, and then run centrifuge-build:

cat library/*/*.fna > input-sequences.fna

## build centrifuge index with 4 threads

centrifuge-build -p 4 --conversion-table seqid2taxid.map \

--taxonomy-tree taxonomy/nodes.dmp --name-table taxonomy/names.dmp \

input-sequences.fna abv

After building the index, all files except the index *.[123].cf files may be removed. If you also want to include the human and/or the mouse genome, add their sequences to the library folder before building the index with one of the following commands:

After the index building, all but the *.[123].cf index files may be removed. I.e. the files in the library/ and taxonomy/ directories are no longer needed.

Adding human or mouse genome to the index

The human and mouse genomes can also be downloaded using centrifuge-download. They are in the domain "vertebrate_mammalian" (argument -d), are assembled at the chromosome level (argument -a) and categorized as reference genomes by RefSeq (-c). The argument -t takes a comma-separated list of taxonomy IDs - e.g. 9606 for human and 10090 for mouse:

# download mouse and human reference genomes

centrifuge-download -o library -d "vertebrate_mammalian" -a "Chromosome" -t 9606,10090 -c 'reference genome' >> seqid2taxid.map

# only human

centrifuge-download -o library -d "vertebrate_mammalian" -a "Chromosome" -t 9606 -c 'reference genome' >> seqid2taxid.map

# only mouse

centrifuge-download -o library -d "vertebrate_mammalian" -a "Chromosome" -t 10090 -c 'reference genome' >> seqid2taxid.map

nt database

NCBI BLAST's nt database contains all spliced non-redundant coding sequences from multiplpe databases, inferred from genommic sequences. Traditionally used with BLAST, a download of the FASTA is provided on the NCBI homepage. Building an index with any database requires the user to creates a sequence ID to taxonomy ID map that can be generated from a GI taxid dump:

wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz

gunzip nt.gz && mv -v nt nt.fa

# Get mapping file

wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_nucl.dmp.gz

gunzip -c gi_taxid_nucl.dmp.gz | sed 's/^/gi|/' > gi_taxid_nucl.map

# build index using 16 cores and a small bucket size, which will require less memory

centrifuge-build -p 16 --bmax 1342177280 --conversion-table gi_taxid_nucl.map \

--taxonomy-tree taxonomy/nodes.dmp --name-table taxonomy/names.dmp \

nt.fa nt

Custom database

To build a custom database, you need the provide the follwing four files to centrifuge-build:

--conversion-table: tab-separated file mapping sequence IDs to taxonomy IDs. Sequence IDs are the header up to the first space or second pipe (|).

--taxonomy-tree: \t|\t-separated file mapping taxonomy IDs to their parents and rank, up to the root of the tree. When using NCBI taxonomy IDs, this will be the nodes.dmp from ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz.

--name-table: '|'-separated file mapping taxonomy IDs to a name. A further column (typically column 4) must specify scientific name. When using NCBI taxonomy IDs, names.dmp is the appropriate file.

reference sequences: The ID of the sequences are the header up to the first space or second pipe (|)

When using custom taxonomy IDs, use only positive integers greater-equal to 1 and use 1 for the root of the tree.

More info on --taxonomy-tree and --name-table

The format of these files are based on nodes.dmp and names.dmp from the NCBI taxonomy database dump.

Field terminator is \t|\t

Row terminator is \t|\n

The taxonomy-tree / nodes.dmp file consists of taxonomy nodes. The description for each node includes the following fields:

tax_id -- node id in GenBank taxonomy database

parent tax_id -- parent node id in GenBank taxonomy database

rank -- rank of this node (superkingdom, kingdom, ..., no rank)

Further fields are ignored.

The name-table / names.dmp is the taxonomy names file:

tax_id -- the id of node associated with this name

name_txt -- name itself

unique name -- the unique variant of this name if name not unique

name class -- (scientific name, synonym, common name, ...)

name class has to be scientific name to be included in the build. All other lines are ignored

Example

Conversion table ex.conv:

Seq1 11

Seq2 12

Seq3 13

Seq4 11

Taxonomy tree ex.tree:

1 | 1 | root

10 | 1 | kingdom

11 | 10 | species

12 | 10 | species

13 | 1 | species

Name table ex.name:

1 | root | | scientific name |

10 | Bacteria | | scientific name |

11 | Bacterium A | | scientific name |

12 | Bacterium B | | scientific name |

12 | Some other species | | scientific name |

Reference sequences ex.fa:

>Seq1

AAAACGTACGA.....

>Seq2

AAAACGTACGA.....

>Seq3

AAAACGTACGA.....

>Seq4

AAAACGTACGA.....

To build the database, call

centrifuge-build --conversion-table ex.conv \

--taxonomy-tree ex.tree --name-table ex.name \

ex.fa ex

which results in three index files named ex.1.cf, ex.2.cf and ex.3.cf.

Centrifuge classification output

The following example shows classification assignments for a read. The assignment output has 8 columns.

readID seqID taxID score 2ndBestScore hitLength queryLength numMatches

1_1 gi|4 9646 4225 0 80 80 1

The first column is the read ID from a raw sequencing read (e.g., 1_1 in the example).

The second column is the sequence ID of the genomic sequence, where the read is classified (e.g., gi|4).

The third column is the taxonomic ID of the genomic sequence in the second column (e.g., 9646).

The fourth column is the score for the classification, which is the weighted sum of hits (e.g., 4225)

The fifth column is the score for the next best classification (e.g., 0).

The sixth column is a pair of two numbers: (1) an approximate number of base pairs of the read that match the genomic sequence and (2) the length of a read or the combined length of mate pairs (e.g., 80 / 80).

The seventh column is a pair of two numbers: (1) an approximate number of base pairs of the read that match the genomic sequence and (2) the length of a read or the combined length of mate pairs (e.g., 80 / 80).

The eighth column is the number of classifications for this read, indicating how many assignments were made (e.g.,1).

Centrifuge summary output (the default filename is centrifuge_report.tsv)

The following example shows a classification summary for each genome or taxonomic unit. The assignment output has 7 columns.

name taxID taxRank genomeSize numReads numUniqueReads abundance

Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina brevipalpis 36870 leaf 703004 5981 5964 0.0152317

The first column is the name of a genome, or the name corresponding to a taxonomic ID (the second column) at a rank higher than the strain (e.g., Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina brevipalpis).

The second column is the taxonomic ID (e.g., 36870).

The third column is the taxonomic rank (e.g., leaf).

The fourth column is the length of the genome sequence (e.g., 703004).

The fifth column is the number of reads classified to this genomic sequence including multi-classified reads (e.g., 5981).

The sixth column is the number of reads uniquely classified to this genomic sequence (e.g., 5964).

The seventh column is the proportion of this genome normalized by its genomic length (e.g., 0.0152317).

As the GenBank database is incomplete (i.e., many more genomes remain to be identified and added), and reads have sequencing errors, classification programs including Centrifuge often report many false assignments. In order to perform more conservative analyses, users may want to discard assignments for reads having a matching length (8th column in the output of Centrifuge) of 40% or lower. It may be also helpful to use a score (4th column) for filtering out some assignments. Our future research plans include working on developing methods that estimate confidence scores for assignments.

Kraken-style report

centrifuge-kreport can be used to make a Kraken-style report from the Centrifuge output including taxonomy information:

centrifuge-kreport -x

Inspecting the Centrifuge index

The index can be inspected with centrifuge-inspect. To extract raw sequences:

centrifuge-inspect

Extract the sequence ID to taxonomy ID conversion table from the index

centrifuge-inspect --conversion-table

Extract the taxonomy tree from the index:

centrifuge-inspect --taxonomy-tree

Extract the lengths of the sequences from the index (each row has two columns: taxonomic ID and length):

centrifuge-inspect --size-table

Extract the names from the index (each row has two columns: taxonomic ID and name):

centrifuge-inspect --name-table

Wrapper

The centrifuge, centrifuge-build and centrifuge-inspect executables are actually wrapper scripts that call binary programs as appropriate. Also, the centrifuge wrapper provides some key functionality, like the ability to handle compressed inputs, and the functionality for [--un], [--al] and related options.

It is recommended that you always run the centrifuge wrappers and not run the binaries directly.

Performance tuning

If your computer has multiple processors/cores, use -p NTHREADS

The -p option causes Centrifuge to launch a specified number of parallel search threads. Each thread runs on a different processor/core and all threads find alignments in parallel, increasing alignment throughput by approximately a multiple of the number of threads (though in practice, speedup is somewhat worse than linear).

Command Line

Usage

centrifuge [options]* -x {-1 -2 | -U | --sample-sheet ~~| --sra-acc } [--report-file -S ]~~

~~Main arguments~~

-x

The basename of the index for the reference genomes. The basename is the name of any of the index files up to but not including the final .1.cf / etc.centrifuge looks for the specified index first in the current directory, then in the directory specified in the CENTRIFUGE_INDEXES environment variable.

-1

Comma-separated list of files containing mate 1s (filename usually includes _1), e.g. -1 flyA_1.fq,flyB_1.fq. Sequences specified with this option must correspond file-for-file and read-for-read with those specified in . Reads may be a mix of different lengths. If - is specified, centrifuge will read the mate 1s from the "standard in" or "stdin" filehandle.

-2

Comma-separated list of files containing mate 2s (filename usually includes _2), e.g. -2 flyA_2.fq,flyB_2.fq. Sequences specified with this option must correspond file-for-file and read-for-read with those specified in . Reads may be a mix of different lengths. If - is specified, centrifuge will read the mate 2s from the "standard in" or "stdin" filehandle.

-U

Comma-separated list of files containing unpaired reads to be aligned, e.g. lane1.fq,lane2.fq,lane3.fq,lane4.fq. Reads may be a mix of different lengths. If - is specified, centrifuge gets the reads from the "standard in" or "stdin" filehandle.

~~--sample-sheet~~

s is a 5-column TSV file where each line corresponds to a sample. The format for the sample sheet file is: the first column specify the sample type: 1: single-end, 2:paired-end. The next two column will specify the read file(s) followed by the classification result output file and report file. If the sample is single-ended (type 1), the third column will be ignored by Centrifuge.

~~--sra-acc~~

Comma-separated list of SRA accession numbers, e.g. --sra-acc SRR353653,SRR353654. Information about read types is available at http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?sp=runinfo&acc=sra-acc&retmode=xml, where sra-acc is SRA accession number. If users run HISAT2 on a computer cluster, it is recommended to disable SRA-related caching (see the instruction at SRA-MANUAL).

-S

~~File to write classification results to. By default, assignments are written to the "standard out" or "stdout" filehandle (i.e. the console).~~

~~--report-file~~

~~File to write a classification summary to (default: centrifuge_report.tsv).~~

~~Options~~

~~Input options~~

-q

~~Reads (specified with , , ~~) are FASTQ files. FASTQ files usually have extension .fq or .fastq. FASTQ is the default format. See also: --solexa-quals and --int-quals.~~~~

~~--qseq~~

~~Reads (specified with , , ~~) are QSEQ files. QSEQ files usually end in _qseq.txt. See also: --solexa-quals and --int-quals.~~~~

-f

Reads (specified with , , ) are FASTA files. FASTA files usually have extension .fa, .fasta, .mfa, .fna or similar. FASTA files do not have a way of specifying quality values, so when -f is set, the result is as if --ignore-quals is also set.

-r

~~Reads (specified with , , ~~) are files with one input sequence per line, without any other information (no read names, no qualities). When -r is set, the result is as if --ignore-quals is also set.~~~~

-c

The read sequences are given on command line. I.e. , and are comma-separated lists of reads rather than lists of read files. There is no way to specify read names or qualities, so -c also implies --ignore-quals.

~~-s/--skip~~

~~Skip (i.e. do not align) the first reads or pairs in the input.~~

~~-u/--qupto~~

~~Align the first reads or read pairs from the input (after the -s/--skip reads or pairs have been skipped), then stop. Default: no limit.~~

~~-5/--trim5~~

~~Trim bases from 5' (left) end of each read before alignment (default: 0).~~

~~-3/--trim3~~

~~Trim bases from 3' (right) end of each read before alignment (default: 0).~~

~~--phred33~~

~~Input qualities are ASCII chars equal to the Phred quality plus 33. This is also called the "Phred+33" encoding, which is used by the very latest Illumina pipelines.~~

~~--phred64~~

~~Input qualities are ASCII chars equal to the Phred quality plus 64. This is also called the "Phred+64" encoding.~~

~~--solexa-quals~~

~~Convert input qualities from Solexa (which can be negative) to Phred (which can't). This scheme was used in older Illumina GA Pipeline versions (prior to 1.3). Default: off.~~

~~--int-quals~~

Quality values are represented in the read input file as space-separated ASCII integers, e.g., 40 40 30 40..., rather than ASCII characters, e.g., II?I.... Integers are treated as being on the Phred quality scale unless --solexa-quals is also specified. Default: off.

~~Classification~~

~~--min-hitlen~~

~~Minimum length of partial hits, which must be greater than 15 (default: 22)"~~

-k

It searches for at most distinct, primary assignments for each read or pair.Primary assignments mean assignments whose assignment score is equal or higher than any other assignments. If there are more primary assignments than this value, the search will merge some of the assignments into a higher taxonomic rank. The assignment score for a paired-end assignment equals the sum of the assignment scores of the individual mates. Default: 5

~~--host-taxids~~

A comma-separated list of taxonomic IDs that will be preferred in classification procedure. The descendants from these IDs will also be preferred. In case some of a read's assignments correspond to these taxonomic IDs, only those corresponding assignments will be reported.

~~--exclude-taxids~~

~~A comma-separated list of taxonomic IDs that will be excluded in classification procedure. The descendants from these IDs will also be exclude.~~

~~Output options~~

~~-t/--time~~

~~Print the wall-clock time required to load the index files and align the reads. This is printed to the "standard error" ("stderr") filehandle. Default: off.~~

~~--quiet~~

~~Print nothing besides alignments and serious errors.~~

~~--met-file~~

~~Write centrifuge metrics to file . Having alignment metric can be useful for debugging certain problems, especially performance issues. See also: --met. Default: metrics disabled.~~

~~--met-stderr~~

Write centrifuge metrics to the "standard error" ("stderr") filehandle. This is not mutually exclusive with --met-file. Having alignment metric can be useful for debugging certain problems, especially performance issues. See also: --met. Default: metrics disabled.

~~--met~~

~~Write a new centrifuge metrics record every seconds. Only matters if either --met-stderr or --met-file are specified. Default: 1.~~

~~Performance options~~

~~-p/--threads NTHREADS~~

Launch NTHREADS parallel search threads (default: 1). Threads will run on separate processors/cores and synchronize when parsing reads and outputting alignments. Searching for alignments is highly parallel, and speedup is close to linear. Increasing -p increases Centrifuge's memory footprint. E.g. when aligning to a human genome index, increasing -p from 1 to 8 increases the memory footprint by a few hundred megabytes. This option is only available if Centrifuge is linked with the pthreads library (i.e. if BOWTIE_PTHREADS=0 is not specified at build time).

~~--reorder~~

Guarantees that output records are printed in an order corresponding to the order of the reads in the original input file, even when -p is set greater than 1. Specifying --reorder and setting -p greater than 1 causes Centrifuge to run somewhat slower and use somewhat more memory then if --reorder were not specified. Has no effect if -p is set to 1, since output order will naturally correspond to input order in that case.

~~--mm~~

Use memory-mapped I/O to load the index, rather than typical file I/O. Memory-mapping allows many concurrent Centrifuge processes on the same computer to share the same memory image of the index (i.e. you pay the memory overhead just once). This facilitates memory-efficient parallelization of Centrifuge in situations where using -p is not possible or not preferable.

~~Other options~~

~~--qc-filter~~

~~Filter out reads for which the QSEQ filter field is non-zero. Only has an effect when read format is --qseq. Default: off.~~

~~--seed~~

~~Use as the seed for pseudo-random number generator. Default: 0.~~

~~--non-deterministic~~

Normally, Centrifuge re-initializes its pseudo-random generator for each read. It seeds the generator with a number derived from (a) the read name, (b) the nucleotide sequence, (c) the quality sequence, (d) the value of the --seed option. This means that if two reads are identical (same name, same nucleotides, same qualities) Centrifuge will find and report the same classification(s) for both, even if there was ambiguity. When --non-deterministic is specified, Centrifuge re-initializes its pseudo-random generator for each read using the current time. This means that Centrifuge will not necessarily report the same classification for two identical reads. This is counter-intuitive for some users, but might be more appropriate in situations where the input consists of many identical reads.

~~--version~~

~~Print version information and quit.~~

~~-h/--help~~

~~Print usage information and quit.~~

~~The centrifuge-build indexer~~

centrifuge-build builds a Centrifuge index from a set of DNA sequences. centrifuge-build outputs a set of 6 files with suffixes .1.cf, .2.cf, and .3.cf. These files together constitute the index: they are all that is needed to align reads to that reference. The original sequence FASTA files are no longer used by Centrifuge once the index is built.

Use of Karkkainen's blockwise algorithm allows centrifuge-build to trade off between running time and memory usage. centrifuge-build has two options governing how it makes this trade: --bmax/--bmaxdivn, and --dcv. By default, centrifuge-build will automatically search for the settings that yield the best running time without exhausting memory. This behavior can be disabled using the -a/--noauto option.

The indexer provides options pertaining to the "shape" of the index, e.g. --offrate governs the fraction of Burrows-Wheeler rows that are "marked" (i.e., the density of the suffix-array sample; see the original FM Index paper for details). All of these options are potentially profitable trade-offs depending on the application. They have been set to defaults that are reasonable for most cases according to our experiments. See Performance tuning for details.

The Centrifuge index is based on the FM Index of Ferragina and Manzini, which in turn is based on the Burrows-Wheeler transform. The algorithm used to build the index is based on the blockwise algorithm of Karkkainen.

~~Command Line~~

~~Usage:~~

~~centrifuge-build [options]* --conversion-table --taxonomy-tree --name-table~~

~~Main arguments~~

A comma-separated list of FASTA files containing the reference sequences to be aligned to, or, if -c is specified, the sequences themselves. E.g., might be chr1.fa,chr2.fa,chrX.fa,chrY.fa, or, if -c is specified, this might be GGTCATCCT,ACGGGTCGT,CCGTTCTATGCGGCTTA.

~~The basename of the index files to write. By default, centrifuge-build writes files named NAME.1.cf, NAME.2.cf, and NAME.3.cf, where NAME is .~~

~~Options~~

-f

~~The reference input files (specified as ) are FASTA files (usually having extension .fa, .mfa, .fna or similar).~~

-c

~~The reference sequences are given on the command line. I.e. is a comma-separated list of sequences rather than a list of FASTA files.~~

~~-a/--noauto~~

Disable the default behavior whereby centrifuge-build automatically selects values for the --bmax, --dcv and [--packed] parameters according to available memory. Instead, user may specify values for those parameters. If memory is exhausted during indexing, an error message will be printed; it is up to the user to try new parameters.

~~-p/--threads~~

~~Launch NTHREADS parallel search threads (default: 1).~~

~~--conversion-table~~

~~List of UIDs (unique ID) and corresponding taxonomic IDs.~~

~~--taxonomy-tree~~

~~Taxonomic tree (e.g. nodes.dmp).~~

~~--name-table~~

~~Name table (e.g. names.dmp).~~

~~--size-table~~

~~List of taxonomic IDs and lengths of the sequences belonging to the same taxonomic IDs.~~

~~--bmax~~

The maximum number of suffixes allowed in a block. Allowing more suffixes per block makes indexing faster, but increases peak memory usage. Setting this option overrides any previous setting for --bmax, or --bmaxdivn. Default (in terms of the --bmaxdivn parameter) is --bmaxdivn 4. This is configured automatically by default; use -a/--noauto to configure manually.

~~--bmaxdivn~~

The maximum number of suffixes allowed in a block, expressed as a fraction of the length of the reference. Setting this option overrides any previous setting for --bmax, or --bmaxdivn. Default: --bmaxdivn 4. This is configured automatically by default; use -a/--noauto to configure manually.

~~--dcv~~

Use as the period for the difference-cover sample. A larger period yields less memory overhead, but may make suffix sorting slower, especially if repeats are present. Must be a power of 2 no greater than 4096. Default: 1024. This is configured automatically by default; use -a/--noauto to configure manually.

~~--nodc~~

~~Disable use of the difference-cover sample. Suffix sorting becomes quadratic-time in the worst case (where the worst case is an extremely repetitive reference). Default: off.~~

~~-o/--offrate~~

To map alignments back to positions on the reference sequences, it's necessary to annotate ("mark") some or all of the Burrows-Wheeler rows with their corresponding location on the genome. -o/--offrate governs how many rows get marked: the indexer will mark every 2^ rows. Marking more rows makes reference-position lookups faster, but requires more memory to hold the annotations at runtime. The default is 4 (every 16th row is marked; for human genome, annotations occupy about 680 megabytes).

~~-t/--ftabchars~~

The ftab is the lookup table used to calculate an initial Burrows-Wheeler range with respect to the first characters of the query. A larger yields a larger lookup table but faster query times. The ftab has size 4^(+1) bytes. The default setting is 10 (ftab is 4MB).

~~--seed~~

~~Use as the seed for pseudo-random number generator.~~

~~--kmer-count~~

~~Use as kmer-size for counting the distinct number of k-mers in the input sequences.~~

~~-q/--quiet~~

~~centrifuge-build is verbose by default. With this option centrifuge-build will print only error messages.~~

~~-h/--help~~

~~Print usage information and quit.~~

~~--version~~

~~Print version information and quit.~~

~~The centrifuge-inspect index inspector~~

centrifuge-inspect extracts information from a Centrifuge index about what kind of index it is and what reference sequences were used to build it. When run without any options, the tool will output a FASTA file containing the sequences of the original references (with all non-A/C/G/T characters converted to Ns). It can also be used to extract just the reference sequence names using the -n/--names option or a more verbose summary using the -s/--summary option.

~~Command Line~~

~~Usage:~~

centrifuge-inspect [options]*

~~Main arguments~~

The basename of the index to be inspected. The basename is name of any of the index files but with the .X.cf suffix omitted. centrifuge-inspect first looks in the current directory for the index files, then in the directory specified in the Centrifuge_INDEXES environment variable.

~~Options~~

~~-a/--across~~

~~When printing FASTA output, output a newline character every bases (default: 60).~~

~~-n/--names~~

~~Print reference sequence names, one per line, and quit.~~

~~-s/--summary~~

~~Print a summary that includes information about index settings, as well as the names and lengths of the input sequences. The summary has this format:~~

~~Colorspace <0 or 1>~~

~~SA-Sample 1 in~~

~~FTab-Chars~~

~~Sequence-1~~

~~Sequence-2~~

~~...~~

~~Sequence-N~~

~~Fields are separated by tabs. Colorspace is always set to 0 for Centrifuge.~~

~~--conversion-table~~

~~Print a list of UIDs (unique ID) and corresponding taxonomic IDs.~~

~~--taxonomy-tree~~

~~Print taxonomic tree.~~

~~--name-table~~

~~Print name table.~~

~~--size-table~~

~~Print a list of taxonomic IDs and lengths of the sequences belonging to the same taxonomic IDs.~~

~~-v/--verbose~~

~~Print verbose output (for debugging).~~

~~--version~~

~~Print version information and quit.~~

~~-h/--help~~

~~Print usage information and quit.~~

~~Getting started with Centrifuge~~

Centrifuge comes with some example files to get you started. The example files are not scientifically significant; these files will simply let you start running Centrifuge and downstream tools right away.

First follow the manual instructions to obtain Centrifuge. Set the CENTRIFUGE_HOME environment variable to point to the new Centrifuge directory containing the centrifuge, centrifuge-build and centrifuge-inspect binaries. This is important, as the CENTRIFUGE_HOME variable is used in the commands below to refer to that directory.

~~Indexing a reference genome~~

~~To create an index for two small sequences included with Centrifuge, create a new temporary directory (it doesn't matter where), change into that directory, and run:~~

$CENTRIFUGE_HOME/centrifuge-build --conversion-table $CENTRIFUGE_HOME/example/reference/gi_to_tid.dmp --taxonomy-tree $CENTRIFUGE_HOME/example/reference/nodes.dmp --name-table $CENTRIFUGE_HOME/example/reference/names.dmp $CENTRIFUGE_HOME/example/reference/test.fa test

The command should print many lines of output then quit. When the command completes, the current directory will contain ten new files that all start with test and end with .1.cf, .2.cf, .3.cf. These files constitute the index - you're done!

You can use centrifuge-build to create an index for a set of FASTA files obtained from any source, including sites such as UCSC, NCBI, and Ensembl. When indexing multiple FASTA files, specify all the files using commas to separate file names. For more details on how to create an index with centrifuge-build, see the manual section on index building. You may also want to bypass this process by obtaining a pre-built index.

~~Classifying example reads~~

~~Stay in the directory created in the previous step, which now contains the test index files. Next, run:~~

~~$CENTRIFUGE_HOME/centrifuge -f -x test $CENTRIFUGE_HOME/example/reads/input.fa~~

This runs the Centrifuge classifier, which classifies a set of unpaired reads to the the genomes using the index generated in the previous step. The classification results are reported to stdout, and a short classification summary is written to centrifuge-species_report.tsv.

~~You will see something like this:~~

~~readID seqID taxID score 2ndBestScore hitLength numMatches~~

~~C_1 gi|7 9913 4225 4225 80 2~~

~~C_1 gi|4 9646 4225 4225 80 2~~

~~C_2 gi|4 9646 4225 4225 80 2~~

~~C_2 gi|7 9913 4225 4225 80 2~~

~~C_3 gi|7 9913 4225 4225 80 2~~

~~C_3 gi|4 9646 4225 4225 80 2~~

~~C_4 gi|4 9646 4225 4225 80 2~~

~~C_4 gi|7 9913 4225 4225 80 2~~

~~1_1 gi|4 9646 4225 0 80 1~~

~~1_2 gi|4 9646 4225 0 80 1~~

~~2_1 gi|7 9913 4225 0 80 1~~

~~2_2 gi|7 9913 4225 0 80 1~~

~~2_3 gi|7 9913 4225 0 80 1~~

~~2_4 gi|7 9913 4225 0 80 1~~

~~2_5 gi|7 9913 4225 0 80 1~~

~~2_6 gi|7 9913 4225 0 80 1~~

~~This research was supported in part by NIH grants R01-LM06845 and R01-GM083873 and NSF grant CCF-0347992.~~

~~Administrator: Daehwan Kim. Design by David Herreman~~

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